O clima no Peru é muito variado, devido especialmente pelo sua amplitude (norte /sul) e pela diferença de altitude entre as diferentes partes do país.
Em geral, podemos dizer que ao longo da costa, o clima é sub-tropical árido com pouca chuva. Ao longo dos Andes, o clima tem duas temporadas um verão chuvoso e inverno seco. A Amazônia tem clima quente úmido com chuvas durante todo o ano e um relativamente curto período seco entre Junho e Agosto.
Por ser cortado pela Cordilheira dos Andes, o país possui 7 pisos ecológicos e, por isso, tem a maioria dos climas do mundo. Veja como é o clima conforme suas 3 regiões principais:
No Litoral: A temperatura é normalmente uniforme, com uma média de aproximadamente 20 oC durante o ano todo. O clima no litoral é moderado pelos ventos que vem da corrente fria do mar peruano – conhecida como a Corrente de Humboldt – o que possibilita que o Peru seja um dos maiores países pesqueiros do mundo. Cidades com este clima são Lima, Ica, Paracas, Nazca, Trujillo e Chiclayo.
Na Serra: As escalas de temperatura variam de aproximadamente -7 a 21 oC. O período de chuvas vai de dezembro a março, onde as maiores precipitações acontecem entre o final de janeiro e o começo de março. Cidades com este clima são Cusco – Machu Picchu, Arequipa – Colca, Puno, Huaraz e Cajamarca.
Na Selva: É extremamente quente e úmida. Os ventos do leste que passam através dessa região recolhem a umidade que é depositada mais tarde nas inclinações orientais andinas. As precipitações anuais em alguns distritos têm uma média de aproximadamente 3,810 mm. A maior parte desta chuva, que cai principalmente de novembro a abril, acaba por descer até os vales. Cidades e áreas com este clima são Iquitos, Parque Nacional El Manu, Chachapoyas – Kuelap.
Clima em Cusco, Machu Picchu, Vale Sagrado e Lago Titicaca (Andes)
Machu Picchu em Janeiro, Fevereiro e Março
Em geral, a época das chuvas é entre Dezembro e Março, mas a sua intensidade varia muito de zona para zona e ano para ano. As chuvas mais fortes ocorrem em Fevereiro. Este não é um mês recomendado para passeios na cordilheira. A Trilha Inca está fechada durante este mês. Em Janeiro e Março as chuvas são menos intensas e na forma de pancadas rápidas.
Machu Picchu em Abril, Maio e Junho
Os dias começam a esfriar e a chuvas são raras. Os dias chegam a temperatura de 19°C, mas cai a noite, podendo chegar a 5°C. No final de Junho (24) acontece em Cusco a Festa do Sol, uma antiga festividade Inca. Nesta época o fluxo de turista aumenta bastante e dica é fazer reservas com muita antecedência.
Machu Picchu em Julho e Agosto
Os meses mais frios do ano, porém excelentes para viajar. Devido as férias convém reservar com antecedência. A temperatura em Cusco podem chegar a 18°C de dia e perto de 0°C a noite. As ruínas de Machu Picchu estão em uma zona de transição entre o altiplano e a selva, por isto é mais úmida e geralmente mais quente.
Machu Picchu em Setembro, Outubro e Novembro
São ótimos meses para viajar com temperatura em ascensão. Os dias são mais longos e as chuvas são raras.
Machu Picchu em Dezembro
O clima já é de verão e tem inicio a temporada de chuva. Normalmente chove pouco. São geralmente pancadas que duram menos de 1 hora. O clima é quente e agradável. Sempre esfria um pouco a noite. Em Machu Picchu pode chover um pouco mais e ocorrer neblina pela manhã.
Outras regiões do Peru
Lima
O clima da capital Lima é leve, sub-tropical deserto, e é influenciado pela corrente fria Humboldt, que garante temperaturas 
médias mínima variando entre 12°C a 20°C e a média máxima de 25°C a 30°C. Precipitação é praticamente inexistente, com uma média anual de 70 mm.
A Costa – Trijillo, Ica, Nazca, Paracas
O clima, ao longo da costa peruana é agradável durante todo, variando entre 22°C e 28°C . Em geral é bem seco. Devido a falta de umidade, as noites são cerca de 10°C mais frias do que o dia. As chuvas são raras. As cidade da costa podem ser visitadas em qualquer época do ano.
A Amazônia peruana
As terras baixas da Amazônia peruana tem um clima úmido e chuvoso durante todo o ano, as temperaturas variam entre 18°C e 36°C, enquanto a quantidade de precipitação entre 2000 e 4000 mm em ano. Em algumas regiões do sul também é um relativamente curto período seco entre Junho e Agosto.
Médias Climáticas
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| Jan | Fev | Mar | Abr | Mai | Jun | Jul | Ago | Set | Out | Nov | Dez | |
| Máximas | 26°C | 27°C | 27°C | 24°C | 22°C | 21°C | 19°C | 19°C | 19°C | 21°C | 22°C | 24°C |
| Mínimas | 20°C | 21°C | 21°C | 19°C | 17°C | 16°C | 16°C | 16°C | 15°C | 16°C | 17°C | 19°C |
| Média | 23°C | 24°C | 23°C | 22°C | 20°C | 18°C | 18°C | 17°C | 17°C | 18°C | 20°C | 22°C |
| Precip. | 0 mm | 0 mm | 0 mm | 0 mm | 0 mm | 3 mm | 5 mm | 3 mm | 3 mm | 3 mm | 0 mm | 0 mm |